Агентство является публично-правовым лицом, которое поддерживает развитие малого и среднего бизнеса в стране, предоставляет ряд услуг МСП, координирует и регулирует услуги государственных органов в этой сфере и действует при Министерстве экономики.
Деятельностью Агентства управляет Наблюдательный совет, состоящий из 7 членов. В состав Наблюдательного совета Агентства входят заместители министров финансов, труда, социальной защиты населения и сельского хозяйства Азербайджанской Республики, представитель Государственной налоговой службы при Министерстве экономики, заместитель председателя Государственного агентства по Служба граждан и социальных инноваций при Президенте Азербайджанской Республики и Национальная конфедерация организаций предпринимателей (работодателей) Азербайджанской Республики состоит из президента. Председателем наблюдательного совета Агентства является министр экономики.
Текущее руководство деятельностью агентства осуществляет Правление в составе 5 членов.