Многие древние арабские, персидские, турецкие, русские, европейские авторы предоставили обширную информацию о Шамахе, которая была написана в работах древнегреческого географа Птолемея, как «Самакея» и «Кемакея». 

Археологические раскопки на территории современной Шамахи подтвердили существование города Шамахи в VIII-XI веках.Гулустанский замок возвышался на вершине крутой горы к северо-западу от Шамахи. 

Гулустанский замок был одним из самых недоступных и великолепных крепостей Ширвана, защищавший Шамаху в 12 и 13 веках. Шамаха был столицей Шамахинской губернии  Российской империи до разрушительного землетрясения в 1859 году, которое привело к переносу столицы из Шамахи в Баку. 

Одним из наиболее пострадавших районов Азербайджана от армянского насилия в марте-апреле 1918 года был город Шамаха, который был отмечен в истории как мартовский геноцид (шамахинский геноцид).

Главным историческим памятником города является  Крепост Гюлистан (XI-XII вв.), Последняя резиденция ширваншахов, построенная для защиты границ города.  

Построена в VIII-IX веках. Этот великолепный архитектурный памятник, расположенный на 200-метровой скалистой горе на северо-западе Шамахи, на протяжении девяти веков был одним из важных столпов государства Ширваншахов. Зданию был нанесен серьезный ущерб не только от войн, но и от землетрясений, только руины сохранились до наших дней.

Место похорон шамахинских правителей - мавзолей Йедди Гумбез, вторая по возрасту мечеть Джума на Кавказе, построенная в 743 году (X век, реконструированный в XIX в.), Мавзолей Дири Баба (1402 г.), могила Шахдандага являются  интересными историческими памятниками.